Ce bug est très gênant sur Ubuntu 14.04. Voici comment y remédier :

gsettings set org.gtk.Settings.FileChooser  show-hidden false

Avec un éditeur graphique de configuration dconf-editor : Editeur_dconf_006.png

Pour les anciennes version d'Ubuntu / Nautilus :

gsettings set org.gnome.nautilus.preferences show-hidden-files false
gsettings set org.gtk.settings.file-chooser  show-hidden false

Source :