Les menus de MPLABX ne sont vraiment pas à mon goût, comme ceux de NetBeans. Logique, MPLABX est basé sur cet IDE.

Pour y remédier :

sudo add-apt-repository ppa:danjaredg/jayatana
sudo apt-get update
sudo apt-get install jayatana

Redémarrer Ubuntu (relancer la session ne suffit visiblement pas)

mplabx_ubuntu_14.04.png

Vous pouvez désactiver le PPA si vous le souhaitez (les PPAs peuvent être dangereux) :

sudo add-apt-repository -r ppa:danjaredg/jayatana

Sinon, vous avez toujours la possibilité d'utiliser un autre thème Java.

Sources :
https://danjared.wordpress.com/2014/03/27/java-ayatana-2-x/
https://code.google.com/p/java-swing-ayatana/
http://plugins.netbeans.org/plugin/41822