Pour commencer, on a besoin de connaitre le nom des indicateurs :

dbus-send --type=method_call --print-reply \
--dest=com.canonical.indicator.application \
/com/canonical/indicator/application/service \
com.canonical.indicator.application.service.GetApplications | grep "object path"

Vous devriez obtenir des lignes qui ressemble à ça :

         object path "/org/ayatana/NotificationItem/netspeed/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/indicator_git/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/dropbox_client_4814/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/Diodon/Menu"
         object path "/org/kde/statusnotifieritem/1/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/multiload/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/Shutter/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/nm_applet/Menu"
         object path "/org/ayatana/NotificationItem/indicator_cpufreq/Menu"

Le nom de l'indicateur est en général avant /Menu. Il faut remplacer les "soulignés du 8" avec des "tirets du 6".
Ensuite, éditez le fichier ~/.local/share/indicators/application/ordering-override.keyfile. Si le fichier n'existe pas, il faudra le créer.

Voici un exemple :

[Ordering Index Overrides]
gnome-power-manager=1
nm-applet=2
indicator-cpufreq=3
multiload=4
Shutter=5
Diodon=6
indicator-git=7
netspeed=8
cloud-ui=9
dropbox-client=10

Pour visualiser le changement sans redémarrer ni se déconnecter :

restart unity-panel-service

Remarques :

  • Par défaut, ils sont dans l'ordre d'installation, du premier lancement
  • Vous devez tous les numéroter sans en oublier, sous peine de retourner sur l'ordre par défaut
  • Il faut numéroter dans l'ordre, impossible de coller l'infini à celui que vous vouliez à gauche, c'eût été trop facile !
  • Dropbox à la superbe idée de coller son PID à son nom, ce qui lui permet d'être en général bien visible à gauche (intelligent et énervant) !

Source:
http://www.webupd8.org/2011/06/how-to-change-application-indicators.html